Năm 1901, Phan Bội Châu cùng một số đồng chí thân thiết đã vạch ra ba kế hoạch, đó là:

• Liên kết với dư đảng Cần Vương và các trai tráng ở chốn sơn lâm, xướng khởi nghĩa binh đánh Pháp với phương thức bạo động.
• Tìm người dòng họ vua nhà Nguyễn lập làm minh chủ, rồi ngầm liên kết với những người có thế lực, tập hợp những người trung nghĩa để cùng nhau khởi sự.
• Khi cần thiết sẽ phái người xuất hiện cầu ngoại viện.

Mục đích là cốt sao khôi phục được Việt Nam, lập ra một chính phủ độc lập, ngoài ra chưa có chủ nghĩa gì khác cả [5]

Đây có thể coi là sự khởi đầu của một cương lĩnh hoạt động của Duy tân Hội, được lập năm 1904.

Đến năm 1906, tức khoảng 2 năm sau kể từ khi Duy Tân hội ra đời, chương trình của hội mới được Phan Bội Châu khởi thảo, cho in và công bố. Lúc đó mục đích của hội mới được đề cập một cách tương đối rõ ràng là khôi phục nước Việt Nam, lập thành nước quân chủ lập hiến[6].